「ラーメン式構造物としての設計法」での計算は１方向からの荷重が作用する矢板を前提にした計算手法であるためです。
動水圧は本来矢板の前列と後列に作用しますが、「ラーメン式構造物としての設計法」でモデルを考えようとした場合
前列と後列に作用する動水圧をまとめて考慮すると矢板に作用する荷重は実際と比べて過大になります。
前列のみに作用する動水圧を考慮した場合、断面力は適切になるのかもしれませんが、矢板頭部変位は過少になります。
以上の点から、二方向から荷重の作用は「ラーメン式構造物としての設計法」では適用できないと考えます。

矢板の最大曲げモーメントは仮想固定点で発生するという前提ですので、矢板の断面諸元は腐食後での仮想固定点位置に該当する断面諸元を使用しています。

フリーアースサポート法では、前面矢板の曲げモーメントを仮想ばり法により計算します。その際に仮想海底面を選択することができます。こちらは漁港基準での適用となります。下側支点部が粘性土地盤の場合、仮想海底面を考慮することができます。詳細は、漁港・漁場の施設の設計参考図書2015年版［上］P. 519〜の参照をお願いいたします。