水深線がＢ−スプラインで登録されていますが、スプラインでは波浪変形計算できないため、Ｂ−スプラインを直接読み込むことはできません。ポリラインもしくは、単一の線分に変更して頂く必要があります。

一般に屈折は、水深がＬ0／２位置から影響があると言われています。そのことから考えれば、計算領域の最も沖側の境界が水深Ｌ0／２の深さの位置に設定されることが望ましいと考えます。また、側方の境界部分が内部に影響を与えない（基本的には、内外同一スペクトルの条件となっています。）ようにできるだけ横方向の領域を広くとった方が良いと考えます。

本システムでは､陸域境界に地盤高を持たせることが可能です｡そのため､陸域境界の水深が必ず0.0にはならない場合があります。図の例を見てください｡図を比較した場合､地形ブロックを指定しなかった場合は､地形線より陸側が海域と同等の扱いとなるため､水深をもちます。そのため、波向き線やコンター線など全ての計算結果が含まれてしまいます｡
地形ブロックを用いて陸域を認識させるためには､全ての地形線が結線されている必要があります｡そのため、結線作業が非常に煩雑になります。単純に地形ブロックを設定せずに陸域を認識させるためには､地形線の地盤高に潮位を設定すれば、地形線より陸側の水深が0.0となり、陸域と同等の扱いになります｡

不規則波は、無数の方向の波が重なり合って合成されていると考えられます。計算上はいくつかの方向の波を合成して実際の波を近似します。
方向分割数は、計算時に考慮する代表的な波向方向の数を指定します。各方向への波のエネルギー分布は方向集中度パラメータを使用して自動的に決定されます。通常は､45分割程度すれば十分だと考えられます。（海岸波動P.95より）

不規則波は、無数の周期の波が重なり合って合成されていると考えられます。計算上は有限個の異なる周期の波を合成して実際の波を近似します。周期分割数は計算時に合成する波の周期の数を指定します。分割数だけ指定すれば波の諸元は自動的に計算されます。通常は、7分割程度すれば十分だと考えられます。（海岸波動P.95より）

水深の非常に浅いメッシュ点が作成されていることが原因です。
今回のデータの場合、潮位=0.0m，地形形状地盤高=0.0mであり丁度地形線位置で水深が0.0mとなっています。そうすると、最も岸よりの水深線〜地形線までの間に数cm程度のメッシュが作成され、うまく計算できないようです。この現象は、より細かいメッシュを作成した場合に出現します。
（回避方法）
地形地盤高≠潮位とし、地形線部分にいくらかの水深を持たせてください。